Что делать если Unity-контейнер надо передавать как зависимость в другие компоненты?

Правильный ответ – ничего.

var container = new UnityContainer();
var resolvedContainer = container.Resolve<IUnityContainer>();

При выполнении такого кода resolvedContainer получит ссылку на сам контейнер. Это значит что если в любом, собираемом из контейнера, классе есть зависимость типа IUnityContainer, то она автоматически будет получать ссылку на контейнер.